উগ্রবাদিতার অভিযোগ থাকায় ইসকনকে পৃথিবীর বিভিন্ন দেশে নিষিদ্ধ করা হয়েছে। বাংলাদেশে তাদের নিষিদ্ধ করার দাবি জানিয়ে সুপ্রিম কোর্টে একটি আইনি নোটিশ পাঠিয়েছেন আইনজীবী আল মামুন রাসেল।
এই নোটিশে উল্লেখ করা হয়েছে মালয়েশিয়া, ইন্দোনেশিয়া, সৌদি আরব, সাবেক সোভিয়েত ইউনিয়নে (বর্তমান রাশিয়া) ইসকনকে নিষিদ্ধ করা হয়েছে। এছাড়া সিঙ্গাপুরেও এটির কোনো কার্যক্রম চালাতে দেওয়া হয় না।
এছাড়া ইসকনের কর্মকাণ্ড তাজিকিস্তান, উজবেকিস্তান, কাজাখস্তান এবং তুর্কেমেনিস্তানে কঠোর নজরদারিতে রাখা হয় বলেও আইনি নোটিশে উল্লেখ করা হয়েছে।
এই আইনজীবী বলেছেন, বাংলাদেশেও ইসকনের কার্যক্রম বেশ বিতর্কিত। তিনি এক সাবেক গোয়েন্দা কর্মকর্তার বই থেকে উদ্ধৃতি দিয়ে বলেছেন, সাম্প্রদায়িক সহিংসতা উস্কে দেওয়ার লক্ষ্যে ইসকন ধর্মীয় কার্যক্রম চালাচ্ছে। তারা সাধারণ হিন্দুদের ওপর নিজেদের বিশ্বাস চাপিয়ে দেওয়ার চেষ্টা করছে এবং নিম্ন শ্রেণিভুক্ত হিন্দুদের জোরপূর্বক সদস্য বানাচ্ছে।
এছাড়া ইসকন সনাতন ধর্মাবলম্বীদের মন্দির দখল, ও মসজিদে সাম্প্রতিক হামলা চালাচ্ছে বলেও আইনি নোটিশে জানিয়েছেন তিনি।
এতে তিনি ঢাকার স্বামীবাগের একটি মসজিদের কথা উল্লেখ করে বলেছেন, সেখানে ইসকনের সংগীত অনুষ্ঠানের কারণে মুসল্লিদের তারাবির নামাজ পড়তে সমস্যা হচ্ছিল। এ বিষয়টি তাদের জানালে তারা পুলিশকে খবর দেয়। এতে করে সেখানে দ্বন্দ্ব দেখা দেয়।
এছাড়া আরও কয়েকটি ঘটনার কথা উল্লেখ করে ২০০৯ সালের সন্ত্রাসবিরোধী আইনের ১৮ নাম্বার ধারা অনুযায়ী ইসকনকে নিষিদ্ধ করার দাবি জানিয়েছেন তিনি।
